Si le salarié protégé peut refuser un changement dans ses conditions de travail il court alors le risque d’être licencié. L’employeur désireux de rompre le contrat devra obtenir l’autorisation de l’inspecteur du travail, qui lui sera en principe accordée dans cette hypothèse (le Conseil d’État considère que le refus de changement des conditions de travail constitue une faute d’une gravité suffisante pour justifier le licenciement). Dès lors que l’autorisation a été accordée, le juge judiciaire ne saurait apprécier le caractère réel et sérieux des motifs retenus sans violer le principe de la séparation des pouvoirs. Le juge judiciaire demeure, en revanche, compétent pour apprécier le degré de gravité des faits reprochés au salarié protégé afin d’évaluer son droit aux indemnités de rupture. Or, la Cour juge traditionnellement que le refus pour le salarié d’un « changement de ses conditions de travail, s’il rend son licenciement fondé sur une cause réelle et sérieuse, ne constitue pas à lui seul une faute grave ».
Il faut donc distinguer le contrôle opéré par l’autorité administrative et son juge de celui opéré par le juge judiciaire. Si le Conseil d’État qualifie de « faute d’une gravité suffisante pour justifier le licenciement » le refus de changement dans les conditions de travail, il n’en demeure pas moins qu’il convient seulement d’entendre par là que les faits sont constitutifs d’un manquement de nature à accorder l’autorisation sollicitée en ce qu’ils sont constitutifs d’une cause réelle et sérieuse de licenciement. Le contrôle de la qualification retenue par l’employeur sur l’échelle des fautes relève bien du juge judiciaire.